События в аниме разворачиваются в 2027 году, спустя год после окончания безатомной четвертой мировой войны. В Ньюпорт-Сити взрывается бомба, убивая торговца оружием, у которого могут быть связи с таинственной организацией 501. Сотрудник службы безопасности Арамаки нанимает хакера Мотоко Кусанаги ...