События Fate/Apocrypha происходят в мире, параллельном миру Fate/stay night, в котором Грааль был убран из города Фуюки после Третьей Войны. История начинается с того, что в Румынии был обнаружен Святой Грааль. Его похитила и привезла в Румынию семья Иггдмилленния. Хотя существуют и другие Войны ...